意識して作ったキャラでなくても
「萌え」という言葉が使われるようになる以前から、萌えアニメと呼ばれるカテゴリーは確立していたと言ってもいいのではないでしょうか。
例を挙げると「タッチ」の登場人物「南ちゃん」をはじめ「うる星やつら」の「ラムちゃん」といったキャラクターは「萌えアニメ」を意識して作ったキャラではなかったとしても「萌え」的要素の強いキャラだと言えるのです。
その傾向は現在にも続いていて、作り手が特に「萌え」だと思っていない場合でも登場人物が「萌えキャラ」と扱われるケースがあります。
その典型的なのが「セーラームーン」や「プリキュア」といったアニメで元々のターゲットは女性なのですが「大きなお友だち」と呼ばれるオタク層が贔屓にして、萌えアニメとして人気が出ました。
そう言っても、「萌え」というカテゴリーが出来たから「ハーレムアニメ」と言われるいろいろな属性の女性が男性を取り合う形式アニメやアダルトゲーム原作のモノ、性的描写が描かれた作品、他にも「腐女子」を狙ったカッコイイ男性キャラクターを沢山だし女性主人公を取り合うといった「逆ハーレム」極端な例では全員ツンデレといった性格的な属性を売りにしているアニメといった萌えアニメは本当に細分化している傾向にあるといえるのです。